Ses ressources sont très dépendantes des points d'eau. Il se nourrit de coléoptères aquatiques, de notonectes, de larves et d'insectes aquatiques, de petits crabes et de crevettes, de têtards, de poissons de petites tailles ainsi que de grenouilles.
Il chasse parfois à terre, ce qui lui permet de capturer des mantes, des coléoptères, des criquets et des petits reptiles (essentiellement des lézards). Dans certaines régions, cette espèce est particulièrement piscivore, attrapant 15 à 20 poissons par jour, le double en période de reproduction. Les jeunes oisillons s'en nourrissent presque exclusivement. Environ 60 à 70 poissons sont distribués quotidiennement aux 5 petits.
Le Martin-pêcheur huppé vit en solitaire ou en couple et adopte un comportement territorial. Cet oiseau peu craintif se perche bien visiblement, à faible hauteur au-dessus de l'eau, sur une branche, un roseau, une souche ou un rocher.
la perception d'une proie, il déploie et rabaisse sa huppe dont les plumes se dispersent dans tous les sens lorsqu'il y a du vent. Sa technique de pêche est toujours identique : il plonge avec un petit bruit, remonte immédiatement sa proie et la rapporte à son perchoir où il l'achève en la frappant. Il la transporte en travers de son bec ou la tête la première dans son gosier. Après l'exécution de sa victime, il l'avale toute entière. Le Martin-pêcheur huppé pêche parfois également sur les côtes marines, perché sur un rocher.
